Vấn đề đầu tiên là xác định vai trò theo từng hoạt động. Việc gọi chung doanh nghiệp là “nhà cung cấp phần mềm” chưa đủ để xác định nghĩa vụ. Cần làm rõ bên nào quyết định mục đích, phương tiện xử lý; bên nào xử lý theo thỏa thuận; và khi nào nhà cung cấp tự quyết định việc sử dụng dữ liệu. Đây là cơ sở để phân định trách nhiệm trong hợp đồng theo Điều 2 và Điều 37 Luật Bảo vệ dữ liệu cá nhân.
Vấn đề tiếp theo là căn cứ xử lý và sự đồng ý. Việc người dùng chấp nhận điều khoản dịch vụ không tự động cho phép sử dụng dữ liệu vào mọi mục đích. Đối với hoạt động cần sự đồng ý, nội dung xin đồng ý phải đủ rõ, gắn với từng mục đích và có thể kiểm chứng; đồng thời phải xem xét riêng các trường hợp luật cho phép xử lý không cần sự đồng ý theo Điều 19. Căn cứ trực tiếp gồm Điều 9, Điều 10 Luật Bảo vệ dữ liệu cá nhân và Điều 6 Nghị định 356/2025/NĐ-CP.
Một vấn đề khác nằm ở vòng đời dữ liệu: ai được xem hoặc xuất tệp, dữ liệu được chia sẻ cho bên nào, xử lý ra sao khi người dùng yêu cầu xóa hoặc khi hợp đồng kết thúc. Những nội dung này cần được thể hiện nhất quán trong hợp đồng, chính sách và quy trình tiếp nhận yêu cầu, phù hợp với Điều 3, Điều 4, Điều 14, Điều 17 và Điều 37 của Luật.